Terlepas dari kekalahan Quinella—pontifex dari Gereja Axiom—keadaan tampaknya masih belum tenang. Setelah menghubungi dunia nyata, Kazuto “Kirito” Kirigaya mengetahui bahwa Ocean Turtle—sebuah mega-float yang dikendalikan oleh Rath—telah digerebek. Karena korsleting tiba-tiba yang disebabkan oleh perampok, fluctlight Kirito rusak, membuatnya koma. Merasa tidak aman tentang orang-orang di Gereja Axiom, Alice membawa Kirito yang tidak sadarkan diri kembali ke kampung halaman mereka—Desa Rulid, mengabaikan pengusirannya karena kejahatan yang belum terselesaikan. Sekarang, Alice menjalani kehidupan biasa dan damai di dekat desa, berharap Kirito bangun.
Namun, tragedi terjadi ketika Alice menyadari bahwa Dark Territory telah mulai menginvasi Kerajaan Manusia. Mengembalikan alias sebelumnya, Alice Synthesis Thirty, dia berjanji untuk mengalahkan Dark Territory untuk mempertahankan dunia yang Kirito dan Eugeo bekerja keras untuk lindungi.
