Kembali ke rumah ke Konohagakure, ninja muda merayakan mengalahkan sekelompok anggota Akatsuki. Naruto Uzumaki dan Sakura Haruno, bagaimanapun, merasa berbeda. Naruto iri dengan keluarga ucapan selamat rekan-rekannya, mengharapkan kehadiran orang tuanya sendiri. Sakura, di sisi lain, marah pada orang tuanya yang memalukan, dan berharap tidak memiliki orang tua sama sekali. Keduanya bentrok karena cita-cita mereka yang berlawanan, tetapi dihadapkan pada masalah yang lebih mendesak ketika Madara Uchiha yang bertopeng tiba-tiba muncul dan membawa mereka ke dunia alternatif.
Di dunia ini, orang tua Sakura dianggap sebagai pahlawan—karena mereka memberikan hidup mereka untuk melindungi Konohagakure dari serangan Rubah Ekor Sembilan 10 tahun yang lalu. Akibatnya, orang tua Naruto, Minato Namikaze dan Kushina Uzumaki, masih hidup dan sehat. Tidak dapat kembali ke rumah atau menemukan Madara bertopeng, Naruto dan Sakura tinggal di dunia baru ini dan menikmati perubahan yang selalu mereka rindukan. Semua tampak baik-baik saja bagi kedua ninja tersebut, sampai sebuah ancaman tak terduga muncul yang mendorong Naruto dan Sakura untuk tidak hanya berjuang demi Konohagakure dari dunia alternatif, tetapi juga untuk menemukan jalan kembali ke dunia mereka sendiri.
