Selama diskusi mereka tentang penyelidikan sensitif A, Raikage Keempat, dan bawahannya disergap oleh penyusup berjubah. Sebagai pemimpin Kumogakure mengusir serangan itu, dia terkejut menemukan bahwa pelakunya adalah Naruto Uzumaki!
Namun, upaya pembunuhan bukan satu-satunya kejahatan yang dikaitkan dengan ninja muda, yang dengan keras menyangkal tuduhan itu. Untuk menghindari konflik diplomatik, Tsunade secara paksa mengirimnya ke Kastil Houzuki Kusagakure—penjara dengan keamanan maksimum yang didedikasikan untuk penjahat ninja—sampai situasinya terselesaikan.
Meskipun kekuatannya segera ditekan oleh Mui, sipir penjara yang memiliki kemampuan untuk menyegel chakra, Naruto dengan ceroboh melakukan upaya melarikan diri yang sia-sia. Tetapi dengan bantuan dua sesama narapidana, dia menyadari bahwa ada lebih banyak fasilitas penahanan legendaris ini daripada yang terlihat. Mengungkap rahasia yang mengerikan, ketiganya memulai operasi berbahaya yang mungkin merupakan satu-satunya kesempatan Naruto untuk membebaskan diri dan membuktikan bahwa dia tidak bersalah.