Dipimpin oleh Yamato, Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, dan Sai ditugaskan untuk menangkap Mukade, seorang ninja nakal yang mengejar chakra kuno Ryuumyaku yang terletak di bawah reruntuhan Rouran. Sementara Ryuumyaku telah disegel oleh Hokage Keempat, kelompok tersebut gagal mencegah Mukade melepaskan kekuatannya. Akibatnya, ledakan energi yang kuat menelan Naruto dan Yamato sebelum mereka bisa melarikan diri.
Saat ia terbangun di kerajaan yang megah namun bermusuhan, Naruto bertemu dengan ratu muda Saara dan tiga ninja Konohagakure dalam misi rahasia. Mereka mengungkapkan kepadanya bahwa dia telah melakukan perjalanan waktu ke Rouran 20 tahun yang lalu! Lebih buruk lagi, Mukade telah menyusup ke istana, menjadi menteri paling tepercaya ratu naif di bawah alias Anrokuzan.
Bergabung dengan tiga ninja, Naruto harus melindungi kehidupan Saara tanpa gagal untuk menghentikan rencana penjahat dan kembali ke masa sekarang.
