Melepaskan serangan kejutan yang menghancurkan, ninja terbang dari Negeri Langit berusaha membalas dendam terhadap musuh lama mereka, Konohagakure. Terlepas dari keinginannya untuk bergabung dalam pertarungan, Naruto Uzumaki ditahan oleh Shinnou, seorang dokter misterius yang membutuhkan bantuannya untuk menyelamatkan orang yang terluka. Saat mengantarkan orang yang terluka ke rumah sakit, Naruto bertemu dengan Amaru yang tak terduga—seorang anak muda badai dari desa tetangga yang putus asa mencari bantuan Shinnou.
Sementara itu, saat para penyerbu mundur untuk memulihkan kekuatan mereka, Tsunade mengambil kesempatan untuk mengirim tim kecil termasuk Sai, Shikamaru Nara, dan Kakashi Hatake untuk menghancurkan markas mereka. Secara bersamaan, dia menugaskan Naruto, Sakura Haruno, dan Hinata Hyuuga untuk menemani Shinnou dan Amaru dalam perjalanan mereka. Selama waktu ini, bagaimanapun, Orochimaru memiliki skema sendiri: ia memerintahkan Sasuke Uchiha untuk membawa dia dokter yang mengkhususkan diri dalam teknik reinkarnasi.
Saat kelompok pengawal secara tidak sengaja mengungkap kebenaran jahat di balik serangan itu, rencana kacau mulai dijalankan. Tetapi bahkan ketika dihadapkan dengan reuni yang tak terduga, Naruto tidak goyah dalam usahanya untuk mengakhiri peperangan dan efek bencananya.
