Mitsuha Miyamizu, seorang gadis sekolah menengah, mendambakan untuk menjalani kehidupan seorang anak laki-laki di kota Tokyo yang ramai—sebuah mimpi yang sangat kontras dengan kehidupannya saat ini di pedesaan. Sementara itu di kota, Taki Tachibana menjalani kehidupan yang sibuk sebagai siswa sekolah menengah sambil menyulap pekerjaan paruh waktu dan harapan untuk masa depan dalam arsitektur.
Suatu hari, Mitsuha terbangun di sebuah ruangan yang bukan miliknya dan tiba-tiba mendapati dirinya menjalani kehidupan impian di Tokyo—tetapi di dalam tubuh Taki! Di tempat lain, Taki mendapati dirinya menjalani kehidupan Mitsuha di pedesaan yang sederhana. Dalam mengejar jawaban atas fenomena aneh ini, mereka mulai mencari satu sama lain.
Kimi no Nawa. berkisah tentang tindakan Mitsuha dan Taki, yang mulai memiliki dampak dramatis pada kehidupan masing-masing, menenun mereka menjadi kain yang disatukan oleh nasib dan keadaan.
