Midgar, akademi khusus perempuan, akan terkenal hanya karena tindakan menerima siswa laki-laki pertama dan satu-satunya, Yuu Mononobe. Tapi Midgar menonjol lebih dari itu: itu adalah sekolah eksklusif untuk sekelompok gadis yang dikenal sebagai D. Masing-masing dari mereka memiliki kemampuan yang sangat kuat dalam menghasilkan materi gelap dan memanipulasinya menjadi persenjataan yang kuat.
D tidak ada dua puluh lima tahun yang lalu, dan hanya muncul setelah sejumlah monster misterius penghancur yang dikenal sebagai “Naga” mulai muncul di seluruh dunia. Anehnya, sama tiba-tiba saat mereka muncul, mereka menghilang. Dalam kebangkitan destruktif mereka, beberapa gadis mulai dilahirkan dengan simbol di tubuh dan kekuatan mereka yang serupa dengan yang dimiliki oleh Naga itu sendiri.
Sekarang D menghadiri sekolah ini, berharap untuk memanfaatkan dan memanfaatkan kekuatan mereka melawan Naga. Yuu adalah anggota terbaru mereka dan luar biasa karena menjadi satu-satunya pria D yang dikenal. Sekarang dia harus menjalin hubungan dengan gadis-gadis di sekitarnya, termasuk saudara perempuannya yang telah lama berpisah yang menghadiri sekolah juga, dan bekerja dengan mereka untuk menyelidiki dan menghilangkan ancaman Naga yang kuat.
