Kembar setengah iblis Towa dan Setsuna selalu bersama, hidup bahagia di Jepang Feodal. Tetapi hari-hari gembira mereka berakhir ketika kebakaran hutan memisahkan mereka dan Towa dilemparkan melalui portal ke Jepang modern. Di sana, dia ditemukan oleh Souta Higurashi, yang membesarkannya sebagai putrinya setelah Towa mendapati dirinya tidak dapat kembali ke masanya.
Sepuluh tahun kemudian, Towa yang berusia 14 tahun adalah siswa yang beradaptasi dengan baik, meskipun faktanya dia sering berkelahi. Namun, masalah tak terduga tiba di depan pintunya dalam bentuk tiga pengunjung dari Jepang Feodal; Moroha, seorang pemburu hadiah; Setsuna, seorang pembunuh iblis dan saudara kembar Towa yang telah lama hilang; dan Nyonya Tiga Mata, iblis yang mencari objek mistis. Bekerja sama, gadis-gadis itu mengalahkan musuh mereka, tetapi dalam prosesnya, Towa merasa ngeri bahwa Setsuna sama sekali tidak mengingatnya. Hanyou no Yashahime: Sengoku Otogizoushi mengikuti tiga gadis saat mereka berusaha untuk memperbaiki kehilangan ingatan Setsuna, serta menemukan kebenaran tentang takdir mereka yang terkait.
