Musim panas yang indah lainnya berlalu untuk Illyasviel von Einzbern. Beristirahat dari tugas gadis penyihirnya, dia menikmati waktu liburnya setelah mengumpulkan Kartu Kelas dengan sahabatnya Miyu Edelfelt.
Namun, perpisahannya tiba-tiba berakhir ketika dia dan Miyu diculik oleh Rin Toosaka dan Luviagelita Edelfelt, saat keluar bersama teman-temannya. Gadis-gadis penyihir mengetahui bahwa pekerjaan mereka masih jauh dari selesai, karena Menara Jam memberi tahu mereka bahwa mana di luar kendali yang dianggap telah disegel terus menyebar ke seluruh Kota Fuyuki. Setelah menuju ke titik asal mana yang tidak terkendali, Illya dan Miyu ditugaskan untuk memecahkan anomali tersebut.
Tapi setelah mengucapkan mantra mereka, Illyasviel menemukan bahwa dia terbelah menjadi dua orang! Saat bentuk baru misterius ini melesat, dia hanya bisa bertanya-tanya: apa yang akan datang dari keberadaan dopplegängernya, mengamuk di kota yang tidak curiga?
